داستان این مجموعه ماجراهای پدر بزرگی را به تصویر می کشد که در زمان حال برنامه ای کامپیوتری برای آشنایی بچه ها با تاریخ و تمدن ایران نوشته و بر اساس اتفاقاتی دو نوه او مریم و بهمن وارد برنامه شده و در دل تاریخ قرار می گیرند. پدر بزرگ سعی در برگرداندن آنها دارد و در این حین دوره های مختلف تاریخی را مرور می شود و با بچه ها پیش می رود و با مشاهیر آشنا می شوند.
مجموعه انیمیشن «یکی بود یکی نبود سرزمین من ایران بود» در این ۵۰ قسمت به دوره زکریای رازی می رسد و بنا است سریال ادامه داشته باشد.
ماجراهای داستان این مجموعه از ابتدای تاریخ ایران و ورود آریایی ها به سرزمین های ایران شروع می شود و سیر تاریخ به صورتی که وفادار به اتفاقات است در دل داستان پیش می رود.
